Em recentes obras (1996), realizadas no interior deste templo, foi encontrada uma sepultura brasonada com o seguinte epitáfio " Sepultura de Paulo Carneiro de Figueiredo e seus herdeiros in perpetuum ano de mil seiscentos e vinte e seis ". Paulo Carneiro de Figueiredo, segundo o investigador Carlos Mariz, terá sido quem mandou construir a Casa brasonada existente na Rua Azevedo Coutinho, em Fão. Era descendente da Família Senra, de Vila do Conde.
O actual monumento enquadra-se na arquitectura de finais do século XVII, princípios do XVIII definida por uma cruz latina, abobadado de pedra e caixotões em madeira. O seu frontispício ostenta um pórtico renascença com um imponente janelão ao melhor estilo joanino.
É o modelo típico de um templo de peregrinação.
Em 1753 noticia-se que os Peregrinos, que aqui acorriam em clamores, pernoitavam no rés-do-chão da Casa das Promessas. Esta informação confirma-nos a tese do modelo de templo de peregrinação em que o cumprimento da promessa exigia a passagem por detrás do Altar-mor, por um corredor de acesso à Imagem Santa.
A sua construção é rica, salientando-se a abóbada em pedra.
Em 1707 o Senhor Arcebispo de Braga mandou os seus Visitadores à Capela do Bom Jesus de forma a darem notícia do seu estado de conservação. Verificaram o seu estado de ruína e, de imediato se providenciou para que as obras se efectuassem. É assim que se dá início ao actual Templo.
Um dos grandes impulsionadores desta obra foi o Abade de Fonte Boa Rev. Augusto Meira Carrilho.
As obras ficaram a cargo dos Mestres pedreiros Manuel Fernandes da Silva e seu pai Pascoal Fernandes.
Segundo o historiador de arte Robert Smith, Pascoal Fernandes e Manuel Fernandes da Silva foram dois grandes Mestres do barroco bracarense, ao lado de André Soares.
Em 21 de Outubro de 1711, D. João V, assinou uma Provisão em que criava o Real Imposto para custear as obras da Capela do Bom Jesus de Fão.
Em 1721/22 a Imagem Santa do Bom Jesus foi colocada no Altar da Capela-mor.
Em 28 de Abril de 1863 o Monarca D. Luís I concedeu um Alvará Régio à Irmandade do Bom Jesus de Fão, segundo o qual se nomeava Juiz Perpétuo, Patrono e Defensor daquele mesmo templo. Era uma honra para Fão e, naturalmente, motivo de orgulho para os Mesários desta Irmandade.
Perante tal distinção, os mesmos Mesários dirigiram em 20 de Dezembro de 1870, uma nova petição ao Monarca na qual solicitavam que aquele templo fosse elevado à categoria de Capela Real. A resposta àquela petição foi transmitida em 22 de Dezembro de 1871. Em Decreto de 17 de Março daquele ano Sua Magestade elege esta Igreja do Bom Jesus como Capela Real e dá-lhe todas as garantias estabelecidas para este Estatuto. No dia 1 de Maio de 1873 foi colocado o Escudo Real na fachada deste templo fangueiro.
